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A medida que los X-Men (Cyclops, X-23, M, Capitán Gran Bretaña y algunos otros que llegan a través del agujero de gusano creado por Magneto y su hija, Lorna) comienzan a luchar contra la guardia de Lilandra en Chandilar (el mundo imperial del trono Shi'ar), El Starjammer llega a la órbita. Storm, Iceman y algunos otros forman un contingente del Plan B y vuelan a Chandilar en un X-Jet a través de un portal espacial.
Se revela que Cassandra Nova es la mente maestra detrás de todo. Ella se ha estado escondiendo en Xavi, el hijo de Lilandra y Xavier, todo este tiempo. Ella comienza a revelarse a todos los involucrados, comenzando con Xavier (quien, pensando que estaba habitando en Lilandra, la mata por error). En el Starjammer, los huevos de Brood se han multiplicado gracias a Aliyah y han comenzado a aterrizar en el planeta natal de los Shi'ar. Además, Cassandra se revela al Fénix a través de la mente de Aliyah. Los Brood, después de haber hecho un trato con Cassandra, comienzan a atacar a X-Men.
Cassandra Nova ataca a los X-Men y la Guardia Imperial Shi'ar. Luego comienza a borrar la mente de Xavier. Marvel Girl invoca sus energías residuales de la Fuerza Fénix y compromete a Cassandra en una batalla psíquica. Mientras tanto, Cable usa sus vastos poderes telequinéticos para luchar contra Cassandra en el nivel físico, pero sucumbe a su virus tecno-orgánico con el que fue infectado cuando era bebé y volvió a infectarse en el libro uno.
Jean Gray, una vez más el Fénix, usa sus poderes para sanar a Cable, cuando, de repente, ella (y Cyclops) son asesinados por una explosión psiónica disparada por una Chica Marvel controlada mentalmente. La forma astral de Cassandra salta de la mente de Marvel Girl y se fusiona con la Fuerza Fénix. Cassandra comienza a matar a la Guardia Imperial, y Dazzler dispara un rayo láser a través de la frente de Cassandra, quemándole un agujero, mientras Storm y Iceman la golpean con sus poderes elementales. Sin embargo, Cassandra se levanta de la derrota y, en forma de castigo divino, abre un agujero a través de Dazzler y pone los poderes de Iceman y Storm contra ellos, matando también a Storm. Solo Madelyne Pryor, que ha estado personificando a Dust (gracias a su niqāb negro) todo el tiempo, después de matarla en el Libro 1, se interpone en su camino. Madelyne revela que ella es la parte de Jean Gray que amaba a Scott con todo su corazón, y esa fue la razón por la cual el matrimonio de Cyclops y Jean fracasó. Madelyne se convierte en energía y se fusiona con Jean Gray, que despierta y cura a Cyclops.
Cuando Jean Gray (todavía puede acceder a algunos de sus poderes Fénix) y Nova pelean, Psylocke entra en la refriega y hunde su psi-katana en el cerebro de Cassandra, inmovilizándola. Jean Gray le dice a Cassandra que todos van a trascender la realidad. Jean resucita a todos los X-Men derrotados / muertos, trayendo a algunos con ella para convertirse en uno con el universo y trayendo a otros de vuelta a la Tierra. Xavier y Cassandra admiten que tienen miedo el uno del otro, y Jean les dice que esto es parte de ser humano. Luego, ella y los X-Men resucitados forman un fénix gigante y se convierten en parte del universo mismo.
Los restantes X-Men que no forman parte del Fénix se ven 20 años después, cuando Katherine Pryde se convierte en Presidenta de los Estados Unidos. Se revela que ella no solo se convirtió en alcalde, sino también en gobernadora. Alice Tremaine llega a la Oficina Oval y hace las paces con Kitty, admitiendo que estaba equivocada acerca de ella y de los mutantes. Kitty disuelve formalmente a los X-Men, diciendo que eran su peor enemigo y que era hora de algo nuevo. Ella enfatiza que esto no es un fin, sino un comienzo.
En los cuadros finales mientras Kitty hace un discurso, Wolverine se muestra junto con Psylocke y X-23 detrás de él. Emma Frost se muestra con sus hijos mayores. Mystique se muestra con sus dos nietos, el hijo de Gambit está sosteniendo un bebé. Bestia se muestra con Cecilia Reyes y sus tres hijos. Iceman y Magma se muestran juntos. Sam Guthrie (Cannonball) se muestra con su esposa, Lila Cheney, y su trío de niños. Kurt Wagner, Nightcrawler, se muestra con su esposa y sus dos hijos. Aliya Bishop, ahora la Majestrix de Shi'Ar, se muestra con su padre, Lucas Bishop, ahora canciller imperial. Jean Gray (Phoenix), Marvel Girl, Gambit and Rogue, Havok y Lorna, Alpha Flight, Professor X y Cassandra, Storm, Archangel with Husk, Cyclops, Madelyne, Dust, Cable, Lilandra, Sage, Colossus, Hub, y algunos otros se muestran sobre la multitud mirando hacia abajo desde el otro lado, por así decirlo.
