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El nuevo Nick Fury lideró un equipo de Avengers encubiertos incluyendo pero no limitado a Hawkeye, Black Widow, Hulk, Winter Soldier, Maria Hill y Phil Coulson en misiones tan peligrosas, que incluso los propios miembros del equipo no pueden saber.
Un viajero misterioso del futuro ataca a un batallón de S.H.I.E.L.D. agentes antes de que lo maten. Después del ataque, Maria Hill decide formar la próxima versión de S.H.I.E.L.D. de los Vengadores Secretos. Maria Hill puede reclutar a Hawkeye, Black Widow, Nick Fury, Jr. y Phil Coulson. Su primera operación es frustrar un plan del grupo terrorista Al-Qaeda de usar el conocimiento de teletransportación proporcionado por Andras Bertesy para ejecutar un ataque terrorista en los Estados Unidos. Los Vengadores Secretos siguen al grupo terrorista a Budapest, donde obtienen las coordenadas del ataque de uno de sus miembros. Después de que Hawkeye sea rescatado por Black Widow, Nick Fury Jr. prepara una trampa para el miembro de Al-Qaeda que iba a realizar el ataque, esperándolo en la Oficina Oval para matarlo.
